Prendre des antibiotiques, c’est souvent nécessaire - mais rarement sans conséquences. La plupart des gens savent qu’ils risquent la diarrhée, les ballonnements, ou pire, une infection à Clostridioides difficile. Ce n’est pas un hasard : les antibiotiques ne font pas que tuer les bactéries mauvaises. Ils déciment aussi les bonnes, celles qui vivent dans votre intestin et qui maintiennent l’équilibre de votre microbiote. C’est là que les probiotiques entrent en jeu. Mais sont-ils vraiment utiles ? Et surtout, comment les utiliser sans risquer plus qu’ils n’aident ?
Comment les probiotiques aident-ils pendant les traitements antibiotiques ?
Les antibiotiques n’ont pas de mémoire. Ils ne savent pas quelle bactérie est utile et laquelle est dangereuse. Ils frappent tout. Résultat : des milliards de bactéries bénéfiques disparaissent en quelques jours. Cela déséquilibre votre intestin, crée un vide écologique, et laisse la porte ouverte aux microbes pathogènes. C’est pourquoi jusqu’à 30 % des personnes qui prennent des antibiotiques développent une diarrhée associée aux antibiotiques (DAA). Chez les patients hospitalisés, ce chiffre peut grimper à 50 %.
Les probiotiques, eux, agissent comme des renforts. Ils remplissent les espaces vides, empêchent les mauvaises bactéries de s’installer, et stimulent la réponse immunitaire locale. Des études montrent que certaines souches réduisent le risque de DAA de 42 à 66 %. C’est significatif. Pourquoi autant de variation ? Parce que tous les probiotiques ne se valent pas. Ce n’est pas une question de dose, mais de type.
Deux souches se démarquent par leur efficacité prouvée : Lactobacillus rhamnosus GG et Saccharomyces boulardii CNCM I-745. La première est une bactérie, la seconde un levurin. Elles agissent différemment, mais toutes deux ont été testées dans des dizaines d’essais cliniques. L. rhamnosus GG est particulièrement efficace contre la diarrhée causée par des antibiotiques comme l’amoxicilline. S. boulardii, lui, est la seule souche à avoir montré une réduction claire du risque d’infection à C. difficile - jusqu’à 66 % selon une méta-analyse de 2022.
Les risques : quand les probiotiques peuvent nuire
Les probiotiques sont généralement sûrs. Mais pas pour tout le monde. Les personnes immunodéprimées courent un risque réel. Entre 2010 et 2020, 12 cas de bactériémie (bactéries dans le sang) ont été directement liés à la prise de probiotiques chez des patients en chimiothérapie, avec un cathéter veineux central, ou après une transplantation. Ce n’est pas fréquent, mais c’est grave. Et c’est un danger que beaucoup ignorent.
Un autre risque moins connu ? La contamination. Une étude de ConsumerLab en 2021 a révélé que 45 % des produits probiotiques vendus aux États-Unis ne contenaient pas la quantité de bactéries annoncée. Certains n’en contenaient aucune. D’autres avaient des souches différentes de celles listées sur l’étiquette. Même pire : une étude de 2025 a détecté des gènes de résistance aux antibiotiques dans 38 % des probiotiques commerciaux. Oui, vous lisez bien. Certains probiotiques contiennent des bactéries capables de transmettre leur résistance aux antibiotiques à d’autres microbes - y compris aux pathogènes.
Et puis, il y a cette controverse : certains chercheurs pensent que les probiotiques pourraient retarder la récupération du microbiote. Une étude publiée dans Cell en 2018 a suivi 21 personnes après un traitement antibiotique. Celles qui ont pris un probiotique multistrain ont mis plus de temps à retrouver leur flore d’origine que celles qui n’en ont pas pris. Cela a choqué la communauté scientifique. Mais depuis, aucune grande étude n’a confirmé ce résultat. Pour l’instant, c’est une hypothèse, pas une vérité.
Quelles souches choisir, et comment les prendre ?
Si vous décidez d’essayer les probiotiques, voici ce que vous devez savoir :
- Choisissez la bonne souche : privilégiez Lactobacillus rhamnosus GG ou Saccharomyces boulardii CNCM I-745. Ce sont les seules avec une preuve solide.
- Ne prenez pas n’importe quelle dose : entre 107 et 1010 UFC (unités formant colonies) par jour. Moins, c’est inutile. Plus, ça ne fait pas mieux.
- Prenez-les 1 à 2 heures après l’antibiotique : cela évite que le médicament détruise les bactéries vivantes avant qu’elles n’atteignent l’intestin.
- Continuez 1 à 2 semaines après l’antibio : la récupération du microbiote prend du temps. Ne vous arrêtez pas dès que vous vous sentez mieux.
Évitez les mélanges de 20 souches différentes. Les produits « ultra-complexes » n’ont pas prouvé leur supériorité. En revanche, les produits certifiés USP (United States Pharmacopeia) ont une qualité de label bien meilleure - 92 % de précision contre 58 % pour les autres. Si vous voyez le logo USP, c’est un bon signe.
Les produits : ce qui existe, et ce qui ne marche pas
Le marché des probiotiques est un désert de mauvaises informations. Il existe plus de 400 produits différents. Certains sont réfrigérés, d’autres pas. Les réfrigérés ont une viabilité de 78 %, selon les tests de ConsumerLab. Les autres, à température ambiante, n’en gardent que 62 %. Cela signifie que sur 10 milliards de bactéries annoncées, vous en recevez peut-être 6 milliards… ou moins.
Les produits les plus fiables sont ceux qui contiennent une seule souche, avec un nombre de UFC clairement indiqué, et qui sont conservés selon les instructions. Les gélules à coquille entérique (qui résistent à l’acidité de l’estomac) sont préférables. Les poudres ou les yaourts fermentés, même s’ils contiennent des bactéries vivantes, n’ont pas de dose standardisée. Ils peuvent être bons, mais pas fiables.
Les prix varient de 20 à 45 € par mois. Ce n’est pas une dépense énorme. Mais si vous achetez un produit sans souche identifiée, vous perdez votre argent - et peut-être votre santé.
Qui devrait les prendre ? Qui devrait les éviter ?
Voici un résumé simple :
- Prenez-les si : vous prenez un antibiotique pour la première fois, vous avez déjà eu une DAA, vous êtes dans un contexte à risque (hôpital, long traitement), ou vous avez des antécédents de troubles intestinaux.
- Évitez-les si : vous êtes immunodéprimé, vous avez un cathéter veineux central, vous êtes en chimiothérapie, vous avez une pancréatite sévère, ou vous êtes en période de neutropénie.
Les médecins ne sont pas unanimes. L’Infectious Diseases Society of America (IDSA) recommande les probiotiques pour prévenir les infections à C. difficile chez les patients à risque. L’American Gastroenterological Association (AGA), elle, dit non - à cause de la variabilité des produits. Mais les données cliniques sont claires : quand on utilise les bonnes souches, les bénéfices dépassent les risques.
Le futur : vers des probiotiques personnalisés ?
Les recherches avancent vite. Des consortiums de souches précises, comme VE303, sont en phase 2 d’essais cliniques. Ils ont réduit de 76 % les cas de C. difficile chez les patients à risque. Ce n’est plus un complément - c’est une thérapie. De plus, la FDA a commencé à exiger la détection des gènes de résistance aux antibiotiques dans les nouveaux produits. Cela va forcer les fabricants à améliorer la qualité.
À terme, les probiotiques pourraient être prescrits comme des médicaments, pas comme des compléments. Avec une souche spécifique, une dose exacte, et une traçabilité totale. Pour l’instant, nous sommes encore dans l’ère du « essayer et voir ». Mais les signes sont là : la médecine commence à comprendre que protéger le microbiote, c’est aussi soigner.
Les probiotiques peuvent-ils rendre les antibiotiques moins efficaces ?
Non, il n’existe aucune preuve solide que les probiotiques réduisent l’efficacité des antibiotiques. Ils agissent dans l’intestin, là où les antibiotiques ne sont pas concentrés. Ce qui peut arriver, c’est que certains antibiotiques (comme les aminoglycosides) tuent certaines souches de probiotiques. C’est pourquoi il est recommandé de les prendre séparément, avec un intervalle de 1 à 2 heures. Cela protège les probiotiques, sans affecter l’antibiotique.
Quelle est la meilleure heure pour prendre les probiotiques avec un antibiotique ?
Prenez les probiotiques 1 à 2 heures après votre dose d’antibiotique. Cela permet aux bactéries vivantes de traverser l’estomac sans être détruites par l’antibiotique. Si vous prenez l’antibiotique le matin, prenez le probiotique à midi ou en début d’après-midi. Si vous le prenez le soir, attendez au moins deux heures avant de prendre le probiotique. Ne les prenez pas au même moment.
Les probiotiques en yaourt ou en kombucha sont-ils aussi efficaces ?
Pas vraiment. Les yaourts et les boissons fermentées contiennent des bactéries vivantes, mais pas en quantité suffisante, ni avec des souches prouvées. Elles ne sont pas standardisées. Un yaourt peut contenir 100 millions de bactéries - alors qu’un probiotique efficace en contient 10 à 100 milliards. De plus, les souches présentes dans les aliments ne sont pas celles qui ont été testées contre la DAA. Pour un effet clinique, privilégiez les gélules avec une souche identifiée.
Est-ce que les probiotiques aident contre la diarrhée causée par d’autres médicaments ?
Les preuves sont limitées. La plupart des études portent sur les antibiotiques. Il existe quelques données pour les chimiothérapies ou les médicaments contre le diabète (comme la metformine), mais elles sont moins solides. Pour l’instant, il n’y a pas assez de données pour recommander les probiotiques dans ces cas. Si vous avez une diarrhée liée à un autre médicament, parlez-en à votre médecin avant de commencer un probiotique.
Les probiotiques sont-ils remboursés en France ?
Non, les probiotiques sont considérés comme des compléments alimentaires, pas comme des médicaments en France. Ils ne sont donc pas remboursés par la Sécurité sociale. Cela dit, certains mutuelles proposent une prise en charge partielle. Vérifiez votre contrat. Le prix moyen d’un traitement de 14 jours varie entre 15 et 35 €, selon la marque et la souche.