Si vous avez pris un antibiotique récemment et que vous avez commencé à avoir des selles liquides, ce n’est peut-être pas juste un mauvais coup de vent dans l’estomac. Cela pourrait être une infection à Clostridioides difficile, l’une des causes les plus fréquentes de diarrhée liée aux hôpitaux aux États-Unis, et qui touche près de 500 000 personnes chaque année. Ce n’est pas une maladie banale : elle peut passer d’une simple gêne à une colite mortelle en quelques jours.
Qu’est-ce que Clostridioides difficile ?
Clostridioides difficile, souvent appelé C. diff, est une bactérie qui vit naturellement dans l’intestin de certaines personnes sans causer de problème. Mais quand le microbiote intestinal est perturbé - généralement par un antibiotique - elle peut se multiplier à l’excès et produire deux toxines, la toxine A et la toxine B, qui détruisent la muqueuse intestinale. Résultat : diarrhée, crampes abdominales, fièvre, et parfois des selles sanglantes.
Elle a été identifiée pour la première fois dans les années 1970 après une épidémie liée à l’antibiotique clindamycine. Depuis, elle est devenue plus virulente. Des souches comme la NAP1/027 produisent jusqu’à 20 fois plus de toxines et forment des spores extrêmement résistantes. Ces spores peuvent survivre des mois sur les poignées de porte, les toilettes, ou les vêtements, et ne sont pas éliminées par les désinfectants classiques. Seuls les produits désinfectants homologués par l’EPA (Liste K), comme ceux à base d’eau de javel ou d’hydrogène peroxyde, les tuent.
Comment une simple prise d’antibiotique peut déclencher une infection
Les antibiotiques ne font pas de distinction entre les bonnes et les mauvaises bactéries. Quand vous prenez un antibiotique - surtout des fluoroquinolones, des céphalosporines de 3e ou 4e génération, de la clindamycine ou des carbapénèmes - vous détruisez des milliards de bactéries bénéfiques dans votre intestin. C’est comme un raz-de-marée qui efface la flore naturelle. Et dans ce vide, C. diff prend le dessus.
La diarrhée associée aux antibiotiques (AAD) se définit par trois selles liquides ou plus par jour, survenant entre quelques heures et huit semaines après le début d’un traitement antibiotique. Environ 15 à 25 % de ces cas sont causés par C. diff. L’apparition des symptômes peut survenir dès le premier jour, mais elle est plus fréquente entre le 5e et le 10e jour de traitement. Pourtant, beaucoup de gens pensent que c’est une réaction normale aux antibiotiques, et ils n’ont pas recours à un médecin.
Les personnes âgées de plus de 65 ans représentent 80 % des cas. Leur système immunitaire est plus faible, leur microbiote moins résilient, et leur risque de décès est 10 à 15 fois plus élevé que chez les jeunes. Les patients hospitalisés plus de cinq jours voient leur risque augmenter de 1,5 % par jour. Ceux qui ont une maladie inflammatoire de l’intestin (comme la maladie de Crohn ou la rectocolite ulcéreuse) ont 4,2 fois plus de risques. Même les interventions chirurgicales de l’appareil digestif peuvent déclencher une infection : jusqu’à 12 % des patients opérés développent une colite à C. diff.
Diagnostic : ce qui complique tout
Le vrai piège, c’est que C. diff ne se détecte pas facilement. Beaucoup de gens portent la bactérie sans symptômes - jusqu’à 50 % des patients hospitalisés. Cela signifie qu’un test positif ne signifie pas forcément une infection active. Il faut toujours lier le résultat au contexte clinique : avez-vous des selles liquides ? Des crampes ? Une fièvre ? Une élévation du taux de globules blancs ?
Les laboratoires utilisent généralement une méthode en deux étapes : d’abord un test de détection de la glutamate déshydrogénase (GDH), puis un test de toxines (EIA) ou une amplification génique (NAAT) si le premier est positif. Les tests seuls ont un taux de faux négatifs de 10 à 30 %. Si vous avez des symptômes typiques mais un test négatif, le médecin doit parfois traiter en se basant sur le tableau clinique.
Les signes de forme sévère incluent un taux d’albumine inférieur à 3 g/dL, un taux de globules blancs supérieur à 15 000/mm³, ou des signes d’obstruction intestinale sur radiographie. Dans ces cas, la colite peut évoluer en perforation, nécessitant une chirurgie d’urgence.
Traitement : ce qui a changé en 2021
Il y a dix ans, la métronidazole était le traitement de première ligne. Aujourd’hui, elle est formellement déconseillée. Des études ont montré qu’elle échoue plus souvent, augmente les récidives, et ne protège pas contre les souches virulentes.
Depuis les nouvelles recommandations de l’IDSA/SHEA en 2021, deux traitements sont privilégiés :
- Fidaxomicine : 200 mg deux fois par jour pendant 10 jours. C’est le traitement de référence. Il réduit les récidives de 40 % par rapport à la vancomycine, car il cible spécifiquement C. diff sans détruire les autres bactéries intestinales.
- Vancomycine : 125 mg quatre fois par jour pendant 10 jours. Une alternative efficace, surtout si la fidaxomicine n’est pas disponible ou trop coûteuse.
Pour les récidives (20 à 30 % des patients en ont au moins une), la transplantation de microbiote fécal (FMT) est devenue la solution la plus efficace. Elle a une réussite de 85 à 90 %, contre 40 à 60 % avec un second traitement à la vancomycine. En 2022, la FDA a officialisé son usage via une politique d’application discrète, ce qui a rendu les traitements plus accessibles.
En avril 2023, un nouveau traitement a reçu l’approbation de la FDA : SER-109, un médicament à base de spores de bactéries intestinales purifiées. Dans les essais cliniques, il a réduit les récidives à 88 % sur huit semaines. C’est la première thérapie microbiomique approuvée pour la prévention des récidives de C. diff.
Prévention : ce qui fonctionne vraiment
La meilleure façon de lutter contre C. diff, c’est de ne pas la laisser se développer en premier lieu. Et la clé, c’est l’antibiothérapie responsable.
Les programmes de maîtrise des antibiotiques dans les hôpitaux - qui limitent les prescriptions inutiles, réduisent la durée des traitements, et évitent les antibiotiques à large spectre - ont fait chuter les cas de C. diff de 25 à 30 % dans les établissements qui les ont mis en œuvre.
Les mesures d’hygiène sont aussi cruciales. Les spores de C. diff ne sont pas éliminées par le savon ou les gel hydroalcooliques. Il faut :
- Se laver les mains à l’eau et au savon (pas au gel)
- Utiliser des désinfectants de la Liste K (eau de javel ou peroxyde d’hydrogène) pour nettoyer les surfaces
- Isoler les patients infectés dans des chambres privées
- Utiliser des équipements dédiés (thermomètres, tensiomètres) pour chaque patient
Les masques et gants ne suffisent pas : les spores se propagent par les mains, les vêtements, les chaussures. Même les visiteurs doivent respecter ces règles.
Et les probiotiques ?
On vous a peut-être dit de prendre des probiotiques pour éviter la diarrhée après un antibiotique. Mais selon les dernières recommandations de l’American College of Gastroenterology et une méta-analyse Cochrane de 2022 incluant près de 10 000 patients, les probiotiques ne réduisent pas significativement le risque d’infection à C. diff.
Il y a une légère réduction du risque de diarrhée associée aux antibiotiques en général (28 %), mais pas de protection contre C. diff lui-même. Les probiotiques ne sont donc plus recommandés pour la prévention de cette infection. Ce n’est pas une perte de temps : c’est une mauvaise dépense. Et certains probiotiques peuvent même être dangereux chez les patients immunodéprimés.
Que faire si vous pensez avoir une infection à C. diff ?
Si vous prenez un antibiotique et que vous avez :
- Plus de trois selles liquides par jour
- Des crampes abdominales persistantes
- Une fièvre inexpliquée
- Des selles avec du sang
Ne l’ignorez pas. Contactez votre médecin. Dites-lui que vous prenez un antibiotique. Ne prenez pas de médicaments contre la diarrhée (comme l’immodium) : ils retiennent les toxines dans l’intestin et peuvent aggraver la situation.
Si vous êtes hospitalisé, demandez à l’équipe soignante si des mesures de prévention sont en place : lavage des mains, désinfection des surfaces, isolement. Soyez actif dans votre propre sécurité.
Et demain ?
La recherche avance vite. Outre SER-109, d’autres thérapies microbiomiques sont en cours d’essai. Des vaccins contre C. diff sont en phase 2. Des anticorps monoclonaux, comme bezlotoxumab, sont déjà utilisés en complément pour réduire les récidives chez les patients à haut risque.
Le futur de la gestion de C. diff repose sur trois piliers : mieux prescrire les antibiotiques, mieux diagnostiquer les infections, et mieux restaurer le microbiote. La médecine ne se contente plus de tuer la bactérie - elle cherche à rétablir l’équilibre.
La diarrhée après un antibiotique est-elle toujours due à Clostridioides difficile ?
Non. La diarrhée associée aux antibiotiques peut avoir plusieurs causes : autres infections, réaction aux médicaments, intolérance, ou simple déséquilibre du microbiote. Mais C. diff est la cause la plus grave et la plus fréquente. Si les symptômes persistent ou s’aggravent, un test est nécessaire.
Puis-je attraper C. diff en dehors de l’hôpital ?
Oui. Jusqu’à 50 % des cas sont maintenant d’origine communautaire, c’est-à-dire chez des personnes non hospitalisées. Les personnes qui ont récemment pris des antibiotiques, même à domicile, sont à risque. La transmission peut se faire par contact avec des surfaces contaminées, comme les poignées de porte ou les toilettes publiques.
Pourquoi la métronidazole n’est-elle plus recommandée ?
Des études ont montré qu’elle est moins efficace que la vancomycine ou la fidaxomicine, surtout pour les formes sévères. Elle provoque plus de récidives et ne protège pas contre les souches hypervirulentes. Son utilisation est désormais réservée aux cas très rares où les autres traitements ne sont pas disponibles.
La transplantation fécale est-elle sûre ?
Oui, quand elle est réalisée avec des dons testés et standardisés. Depuis 2022, la FDA autorise l’utilisation de matières fécales provenant de donneurs rigoureusement dépistés. Les risques sont minimes : quelques cas de transmission de bactéries résistantes ont été rapportés, mais les bénéfices l’emportent largement pour les récidives répétées.
Quels antibiotiques sont les plus à risque de provoquer C. diff ?
Les plus à risque sont les fluoroquinolones (comme la ciprofloxacine), les céphalosporines de 3e et 4e génération (comme la ceftriaxone), la clindamycine, et les carbapénèmes (comme l’imipénème). Même les antibiotiques d’apparence inoffensive, comme l’amoxicilline, peuvent déclencher une infection chez les personnes vulnérables.